configs/quac_watch/exome_quac_watch_config.yaml

configs/quac_watch/logging.ini

configs/quac_watch/wgs_quac_watch_config.yaml

src/quac_watch/__init__.py

src/quac_watch/common.py

src/quac_watch/create_mutliqc_configs.py

src/quac_watch/modules/fastq_screen.py

src/quac_watch/modules/fastqc.py

src/quac_watch/modules/multiqc_general_stats.py

src/quac_watch/modules/picard.py

src/quac_watch/modules/qualimap.py

src/quac_watch/modules/variant_freq_by_contig.py

src/quac_watch/quac_watch.py

src/run_quac.py